بررسی بیان ژن‌های جو در پاسخ به تنش اسمزی با استفاده از فن‌آوری درشت‌آرایه

نویسندگان

چکیده

جو (Hordeum vulgare L.) گیاهی مدل برای بررسی‌های ژنتیکی و فیزیولوژیکی است. تنش‌های غیرزیستی مانند خشکی، رشد و توسعه گیاه را کاهش می‌دهند. هدف این آزمایش شناسایی ژن‌های پاسخ‌دهنده به تنش اسمزی با استفاده از فن‌آوری درشت‌آرایه (دارای 13050 cDNA) بود. در این آزمایش از برگ 5 ژنوتیپ جو در دو شرایط تنش و بدون تنش و در سه زمان 1، 3 و 7 روز پس از اعمال تنش RNA استخراج شد. پس از اندازه‌گیری بیان ژن‌ها و تجزیه واریانس داده‌ها، اثر شرایط در 744 ژن معنی‌دار بود. تجزیة مولفه‌های اصلی بر روی ماتریس اثر برهمکنش ژن × شرایط نشان داد ژن‌هایی که در متابولیسم چربی، مسیر پاسخ به تنش و متابولیسم اسید آمینه فعال هستند، در این آزمایش به تنش پاسخ داده‌اند. با انجام این تجزیه بر روی ماتریس اثر برهمکنش ژن× شرایط × ژنوتیپ و اثر برهمکنش ژن × شرایط × زمان ژن‌های به دست آمده بیشتر مربوط به تنش، متابولیسم هورمون و متابولیسم اسید آمینه بودند. پرتعدادترین گروه‌های ژنی پاسخ‌دهنده به تنش مربوط به ژن‌های دی‌هایدرین و پروتئین‌های انتقال دهنده لیپید بودند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Study on Gene Expression of Barley in Response to Osmotic Stress Using Macroarray

نویسندگان [English]

  • HosseinAli Ramshini
  • AliAkbar ShahNejat Bushehri
  • SeyedAli Peyghambari
  • Mansour Omidi
  • Patrick Schweizer
چکیده [English]

Barley (Hordeum vulgare L.) is a model plant, as genetic and physiological studies are concerned. Abiotic stresses such as drought adversely affect the growth of plants. The objective of this experiment was to identify the responsive genes to osmotic stress, using macroarray (covering 13050 genes). RNA was extracted from 5 barley genotypes in stress as well as in normal conditions at 3 times of 1, 3 and 7 days after PEG application. ANOVA reveald significant condition effect on 744 genes. PCA was done on interaction effect matrix of gene × condition with most of the selected genes being related to lipid metabolism, stress response pathway and amino acid metabolism. The same analysis on interaction effect matrix of gene × conditions × genotype, and gene × condition × time led to genes which most of them were related to stress, hormone and amino acid metabolism. Dehydrins and lipid transfer protein gene groups had the highest numbers, in responsive gene cluster, to osmotic stress.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Barley
  • gene expression
  • Macroarray
  • Osmotic stress
  • Responsive genes

فایل ها

هم رسانی

ارجاع به این مقاله

آمار