نقشه¬یابی ارتباطی صفات ریشه در جو

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

2 دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

3 استاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

چکیده

تنش خشکی و کمبود منابع آب و مواد غذایی یکی از مهم­ترین عوامل کاهش عملکرد در گیاهان زراعی هستند. ریشه­های سالم و توسعه یافته باعث افزایش راندمان جذب آب و مواد غذایی شده و از این طریق باعث افزایش عملکرد می­شوند. نقشه­یابی ارتباطی یکی از روش­هایی است که اخیرا برای مطالعه ژنتیکی و تعیین تعداد مکان­های ژنی کنترل کننده صفات کمی مورد استفاده قرار گرفته است. بدلیل اینکه اغلب صفات مهم ریشه به صورت کمی تغییر می­کنند لذا به منظور شناسایی نواحی ژنومی مرتبط با صفات ریشه جو از نقشه­یابی ارتباطی در 100 رقم جو استفاده گردید. ارقام در قالب طرح بلوک کامل تصادفی در سه تکرار و در شرایط گلخانه کشت و صفات ریشه شامل وزن خشک ریشه، حجم ریشه، میانگین تعداد ریشه­های مویین و میانگین قطر ریشه اندازه­گیری شدند. ارزیابی ژنوتیبی با 3964 اس.ان.پی با فراوانی بیشتر از ده درصد صورت پذیرفت. به منظور حذف ساختار جمعیت، ژنوتیپ­های مورد استفاده بر اساس مرفولوژی سنبله (دوردیفه یا شش­ردیفه بودن) به دو زیرگروه تقسیم شدند. میانگین عدم تعادل نشان داد بیشترین تاثیر لینکاژ بر روی عدم تعادل در فاصله 4 سانتی­مورگانی است. با استفاده از مدل خطی مخلوط تعداد 15 کیو.تی.ال برای صفات مورد ارزیابی شناسایی شد. بیشترین مقدار لگاریتم احتمال مربوط به نشانگر SNP_2981 بود و با میانگین تعداد ریشه­های مویین ارتباط داشت. بررسی مقایسه­ای نتایج این آزمایش با کیو.تی.ال­های مربوط به صفات زراعی در مطالعات قبلی نشان داد اغلب کیو.تی.ال­های مربوط به صفات ریشه با صفات زراعی مانند عملکرد، تعداد دانه در سنبله، تعداد روز تا گلدهی، ورس و ارتفاع گیاه ارتباط دارند.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Association Mapping for Root Characteristics in Barley (Hordeum vulgare)

نویسندگان [English]

  • REZA ATAEI 1
  • Valiollah MOHAMMADI 2
  • Alireza TALEI 3
  • Mohammad Reza NAGHAVI 3
1 Ph.D Student,College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
2 Associate Professor, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
3 Professor, College of Agriculture and Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
چکیده [English]

Abiotic stresses and lack of nutrients are one of the most important factors in reducing the crop yield.  Vigorous and developed roots can facilitate uptake of water and nutrients more efficiently making it essential for enhancing the yield. Association mapping is currently one of the approaches for detecting quantitative trait loci (QTLs) influencing complex traits. This approach was used to detect QTLs for some root traits in a diverse collection of 100 winter barley (Hordeum vulgare). Association panel was sown in the greenhouse in a randomized complete block design with three replications and root dry weight, root volume, average diameter and average secondary roots were measured. Population was genotyped using 3964 SNPs having minor allele frequencies (MAFs) greater than 10 percent. The population was classified in two subpopulations based on spike row number. In the whole genome, average LD was observed to decay at 4cM. Using a mixed linear model with kinship for controlling spurious LD effects, we found a total of 15 significant marker-trait associations. SNP_2981 was associated with the number of secondary roots at maximum -Log P. Comparative study with previously mapped agronomic traits showed that several QTLs of root traits were related to the characters such as yield, kernels per spike, heading date, lodging and plant height.

کلیدواژه‌ها [English]

  • association mapping
  • root
  • Barley
  • QTL