ارقام هیبرید حاصله از سیستم نرعقیمی WA حدود 90% تولید برنج هیبرید را در برمی‌گیرند. اکثر مطالعات نشان داده است که اعاده کنندگی باروری در این سیستم توسط دو ژن مستقل کنترل می‌شود. عدم اطلاع صحیح از ژنتیک ژن یا ژن‌های اعاده کننده باروری برای سیتوپلاسم نوع WA، هنوز آن را به صورت مسئله‌ای حل نشده باقی گذاشته است. برای شناسایی ژنهای اعاده کننده باروری (Rf)، جمعیت 2F حاصل از تلاقی IR58025A و IR42686R در مزرعه تحقیقاتی پرورش داده شد. برای اولین بار سه ژن کنترل کننده این صفت از طریق مدل اپیستازی غالب سه گانه با نسبت 63:1 (گیاهان بارور به عقیم) گزارش می‌شود. این سه ژن روی کروموزوم‌های 1، 7 و 10 با کمک نشانگرهای ریزماهواره (SSR) شناسایی شده‌اند. از 181 نشانگر SSR مورد استفاده در این مطالعه، 30 نشانگر، نوارهای متفاوتی بین والد نرعقیم (IR58025A) و والد بارور(IR42686R) نشان دادند. بقیه نشانگرها نوارهای مشابه بین والدین تولید نمودند و برخی از آنها نیز تکثیر نشدند. از 30 نشانگر حاصل، 5 نشانگر روی افراد نرعقیم F2الگوی باندی مشابه با لاین نرعقیم تولید نمودند و در جمعیت F2 مورد بررسی قرار گرفتند. نشانگرهای ریزماهواره RM443 و RM315 پیوسته با ژن 3Rf به ترتیب در فاصله 4/4 و 7/20 سانتی مورگان روی کروموزوم 1 قرار داشتند، در حالیکه RM6344 در فاصله نزدیک 6/6 سانتی مورگان نسبت به ژن 1Rf روی کروموزوم 7 قرار داشت. ژن سوم (2Rf) بین دو نشانگر RM258 و RM591 به ترتیب در فاصله ژنتیکی 4/4 و 22 سانتی مورگان روی کروموزوم 10 قرار داشت.