بهمنظور بررسی تنوع ژنتیکی 21 رقم کلزا از 20 جفت آغازگر اختصاصی SSR و نیمهتصادفی ISJ استفاده شد. آغازگرها در مجموع 158 (05/81 درصد) باند چندشکل (51 باند SSR و 107 باند ISJ) تولید کردند. متوسط تعداد باند چندشکل برای آغازگرهای ISJ، SSR و ترکیب آنها بهترتیب 7/10، 1/5 و 9/7 عدد برآورد شد. میزان اطلاعات چندشکلی (PIC) از 015/0 در آغازگر اختصاصی O110D08 تا 3420/0 در آغازگر نیمهاختصاصی ET15-33 متغیر بود. بین آغازگرهای نیمهاختصاصی IT و ET برای میزان چندشکلی تفاوت معنیداری مشاهده نشد. نمودار درختی حاصل از تجزیة خوشهای بهروش UPGMA و ضریب تشابه دایس با استفاده از آغازگرهای ISJ، SSR و ترکیب آنها، ژنوتیپهای کلزا را بهترتیب در سه، شش و چهار گروه اصلی تقسیم کرد. تنوع ژنتیکی از الگوی جغرافیایی تبعیت نمیکرد و ژنوتیپهای ایرانی و خارجی در گروههای مجزا طبقهبندی نشدند. این موضوع قرابت و خویشاوندی ژنوتیپهای ایرانی و خارجی را نشان داد. دو رقم Licord و SLM096 با اینکه دارای منشأ یکسانی بودند، دو گروه مجزا را به خود اختصاص دادند و فاصلة ژنتیکی زیادی با سایر نمونهها داشتند. بنابراین در برنامههای بهنژادی آینده میتوان از آنها استفاده کرد.