@article { author = {karimi, ali akbar and Naghavi, MohammadReza and Nasiri, Jaber}, title = {Identification of miRNAs and their target genes in Papaver somniferum}, journal = {Iranian Journal of Field Crop Science}, volume = {48}, number = {4}, pages = {1161-1170}, year = {2018}, publisher = {Faculty of Agriculture, University of Tehran}, issn = {2008-4811}, eissn = {2423-8082}, doi = {10.22059/ijfcs.2017.230802.654301}, abstract = {MicroRNAs (miRNAs) are A group of 17_22 nucleotides that derived from its precursor sequence and show an enormous role in various biological and metabolic processes in both animals and plants. There are several ways to identify miRNAs. One of the easiest and cheapest way to identify miRNAs is bioinformatics methods. In this study، a bioinformatics approach was used to identify potential miRNAs in Papaver somniferum. We blasted publicly available EST sequences obtained from NCBI GenBank against previously known plant miRNAs and ultimately distinguished seven potential miRNA in Papaver somniferum. Target genes predicted miRNA are a protein serine / threonine kinase (signal transduction)، PPR protein family (Edit and stability of RNA) and globulins 7 S (hydration and dehydration cells), phototropin (response phototropism), protein of serine / threonine phosphatase (glycogen metabolism), TIR protein family (defense against bacteria). These genes play an important role in growth and development، metabolism، morphology and determine flowering time and response to biotic and abiotic stresses.}, keywords = {Bioinformatics,Sequence alignment,EST,Non coding RNA}, title_fa = {شناسایی miRNA ها و ژن های هدف مرتبط با آنها در گیاه خشخاش ( Papaver somniferum)}, abstract_fa = {miRNA ها یک رده از RNA های تنظیم کننده کوچک درون هسته ای و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 17-22 نوکلئوتید می باشند. miRNA ها بیان ژن را پس از رونویسی از طریق تجزیه mRNA یا مهار ترجمه انها کنترل کرده و نقش های متنوعی را در فرایند های بیولوژیکی و متابولیکی در گیاهان و جانوران بازی می کنند. روش های متعددی برای شناسایی miRNA ها موجود می باشد که یکی از ساده ترین و کم هزینه ترین انها ، روش شناسایی بیوانفورماتیکی می باشد. در این مطالعه با هدف شناسایی miRNA متمایز در گیاه خشخاش، مطالعه ای مبتنی بر جستجوی همولوژی بین EST های گیاه خشخاش و miRNA ها انجام گرفت. بطوریکه ابتدا همه توالی های EST های گیاه خشخاش از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNA های شناخته شده BLASTn شدند و در نهایت هفت miRNA کاندید متمایز در گیاه خشخاش شناسایی شد. ژن های هدف شناسایی شده با استفاده از نرم افزارهای مختلف مورد بررسی قرار گرفتند و مشخص گردید که miRNA های کاندید مرتبط با ژن های رمزکننده سرین/ ترئونین کیناز (انتقال سیگنال)، پروتئین های PPR (ویرایش و پایداری RNA )، گلوبولین های7S ( هیدراسیون و دهیدراسیون سلول)، فتوتروپین ها (پاسخ های نورگرایی)، پروتئین های سرین/ ترئونین فسفاتاز (متابولیسم گلیکوژن) و پروتئین های خانواده TIR ( دفاع در برابر باکتریها) می باشد. این ژن ها نقش مهمی در رشد و نمو ، متابولیسم ، تعیین مورفولوژی و زمان گلدهی و پاسخ به استرس های زنده و غیر زنده را بازی می کنند.}, keywords_fa = {بیوانفورماتیک,همردیفی توالی,EST,RNA غیر رمزاور}, url = {https://ijfcs.ut.ac.ir/article_65482.html}, eprint = {https://ijfcs.ut.ac.ir/article_65482_6474682fa08c5e7cfe7c66553764e184.pdf} }