@article { author = {Sabouri, Hossein and mohamadalegh, sharife and Dadras, Ahmad Reza}, title = {Detection of informative markers associated with rice root traits under drought stress in the growth early stages using association analysis}, journal = {Iranian Journal of Field Crop Science}, volume = {48}, number = {1}, pages = {171-182}, year = {2017}, publisher = {Faculty of Agriculture, University of Tehran}, issn = {2008-4811}, eissn = {2423-8082}, doi = {10.22059/ijfcs.2017.137585.653991}, abstract = {Developing a deep root system is an important strategy for avoiding of drought stress in rice. In order to improve rice root system, at the first stage, must be detected genomic regions controlling important root traits. In order to achieve this aim, a study was conducted using 192 rice genotypes under drought stress and hydroponic culture. Manitol with -5 bar concertration was used to apply osmotic stress in seedling stage. In addition of shoot mass, root mass, plant mass and root thickness, length of shoot and root were recorded on 7th, 14th, 21th, 28th and 35th days after transferring to hydroponic culture. Genotyping of population was performed using primer combinations of restriction enzymes of EcoRI and MseI. To identify genomic regions associated with controlling loci of the traits, were used five statistical models with two GLM and MLM procedures in TASSEL software. The markers of E100-M140-3, E100-M160-7, E110-M140-9, E100-M140-3, E100-M150-19, E100-M160-7, E100-M160-11, E110-M140-1 and E110-M140-9 were detected as the most important markers. Since these markers explained significant percentage of the phenotype variations, can be used as candidate markers in further studies such as conversion to SCAR markers marker assisted selection for drought stress tolerance after validation.}, keywords = {association analysis,drought tolerance,rice (Oryza sativa L.),Root trait}, title_fa = {شناسایی نشانگرهای آگاهی‌بخش مرتبط با صفات ریشۀ برنج در مراحل اولیۀ رشد در شرایط تنش خشکی با استفاده از تجزیۀ ارتباط}, abstract_fa = {گسترش شبکۀ ریشه­ای عمیق راهکاری مهم برای جلوگیری از تنش خشکی در برنج است. به‌منظور بهنژادی صفات ریشه­ای برنج، لازم است در آغاز باید نواحی ژنگانی (ژنومی) کنترل‌کنندۀ صفات مهم ریشه شناسایی شوند. با این هدف، پژوهشی با استفاده از 192 ژنوتیپ برنج در شرایط تنش خشکی و آبکشت (هیدروپونیک) طرح‌ریزی شد. به‌منظور اعمال تنش اسمزی از مانیتول با فشار اسمزی 5- بار در مرحلۀ گیاهچه­ای و شرایط آبکشت استفاده شد. افزون بر وزن اندام‌های هوایی، وزن ریشه، زیست‌توده و ضخامت ریشه، صفات طول اندام‌های هوایی و ریشه در طول رشد یعنی در روزهای 7ام، 14ام، 21ام، 28ام و 35ام پس از انتقال به محیط آبکشت، ارزیابی شدند. ارزیابی ژنوتیپی افراد جمعیت با استفاده از ترکیب‌های آغازگری ناشی از آنزیم­های محدودگر EcoRI و MseI انجام شد. برای شناسایی نواحی ژنگانی مرتبط با مکان­های کنترل‌کنندۀ این صفات از پنج مدل آماری با دو رویۀ GLM و  MLMدر نرم‌افزار TASSEL استفاده شد. نشانگرهای E100-M140-3، E100-M160-7، E110-M140-9، E100-M140-3، E100-M150-19، E100-M160-7، E100-M160-11، E110-M140-1 و E110-M140-9 مهم‌ترین نشانگرها شناسایی شدند. با توجه به اینکه این نشانگرها درصد قابل‌توجهی از تغییرپذیری‌های فنوتیپی را تبیین کردند، می­توان از این نشانگرها به‌عنوان نامزد در تحقیقات بعدی از جمله تبدیل آن‌ها به نشانگرهای اختصاصی SCAR و برنامه­های انتخاب به کمک نشانگر برای تحمل به خشکی پس از تأیید استفاده کرد.}, keywords_fa = {برنج (Oryza sativa L.),تجزیۀ ارتباط,تنش خشکی,صفات ریشه}, url = {https://ijfcs.ut.ac.ir/article_62384.html}, eprint = {https://ijfcs.ut.ac.ir/article_62384_f1766a3c681b885c15f684baae000a8e.pdf} }